真核无参转录组

针对没有高质量参考基因组、参考基因组碎片化严重、组装质量差的真核生物，不依赖参考基因组，直接利用测序得到的 clean reads从头组装转录本，构建物种转录本集，再进行基因注释、表达定量、差异基因筛选等分析。

特点

1. 不依赖参考基因组，突破物种限制
2. 同时获得序列信息 + 表达信息，一次性得到该物种大量基因序列
3. 便于开发 SSR、SNP 分子标记，非常适合农学、资源物种研究
4. 无法精准识别可变剪接（不如有参）

分析流程

应用方向

1. 非模式生物基础研究：野生植物、昆虫、海洋生物、寄生虫、真菌等缺乏基因组物种，获得全套表达基因信息。
2. 胁迫响应机制：干旱、盐、温度、病原菌侵染，筛选关键响应基因与通路。
3. 发育与性状研究：器官发育、性别分化、生长周期、品质性状相关候选基因挖掘。
4. 分子育种资源开发：挖掘 SSR、SNP 分子标记，用于遗传图谱构建、种质资源鉴定。
5. 比较转录组研究：近缘物种无参考基因组，通过组装转录本开展物种间进化、适应性进化分析。